恋愛フラグ、友情フラグ、勝利フラグ、死亡フラグ。『フラグ』それは人生の岐路に立つ、大切な分岐点を示す道しるべ。ある事件以降、他人の頭に様々な『フラグ』が見えるようになった少年・旗立颯太は、その能力ゆえに他人と距離を置いてきたが、そんな彼に興味を持った美少女達とひょんなことから ひとつ屋根の下で寮生活を送ることになってしまう。次々と颯太の前に現れる、様々な美少女達との共同生活の行方は? そして、彼が目にする『フラグ』が導く先に何があるのか…