ひょんなことからゾンビとして蘇った石川啄木だったが、とんでもないヘマをやらかして新撰組を復活させてしまった! 新撰組は「EZO共和国」復活を果たすべく、北海道の侵略を開始する! その危機を察知したクラーク博士は弟子の新渡戸稲造とともに、 最終兵器?『フランチェスカ』を蘇らせた! 新撰組の野望を阻止すべく立ち上がるフランチェスカ。 北海道を舞台にした戦いの幕が切って落とされたのでした…!