物語の舞台は、我々の知らない、地表の71％が水で覆われた青き星。
異世界より突如現れた、異形の敵「セイレーン」。圧倒的な力を有する外敵に対抗するべく、
人類は4大陣営を中心に世界的な連合組織「アズールレーン」を結成した。

自由を敬う「ユニオン」
栄光を重んじる「ロイヤル」
結束を讃える「鉄血」
羈絆を尊ぶ「重桜」

そんな人々の英知を結集した「キューブ」を用いて誕生されたのは、
鋼鉄の艨艟（もうどう）たちの力を有する少女たち。
時に勇壮、時に美しく、時にダイナミック――陣営の垣根をも乗り越えた彼女たちの活躍により、
セイレーンの侵攻が食い止められ、その勢力がほぼ撃退されたように見えた。

しかし「セイレーンの力を用いるべきか否か」という理念の違いからか、はたまたフネではなく、
ヒトとしての彼女たちの思いからか――
「重桜」と「鉄血」に代表された一部の勢力が「アズールレーン」から離脱し、
「レッドアクシズ」として活動を開始した。

そんな「レッドアクシズ」の動向を監視するため、
「アズールレーン」は大洋の中で新たな基地を新設し戦力を集結。
状況は一触即発。少女たちの運命はまだ誰も知らない……