メガシンカ…紐解かれる新たな物語。 冒険の舞台は、カロス地方からホウエン地方へ。 メガシンカを極めるため、そして最強の頂点に立つため旅を続けるアラン。 ホウエン地方で彼を待ち受けていたのは、新たなメガシンカポケモン、そしてホウエン地方の頂点に君臨するチャンピオン・ダイゴだった。 立ちはだかるダイゴとの壮絶なメガシンカバトル。 激闘の中、突如あらわれた謎の男。そして、ホウエン地方に眠る伝説の巨石。 全てのカギが揃い、メガシンカの謎が徐々に解き明かされていく。 そのルーツに触れしとき、はるか天空より伝説のポケモン・レックウザが出現！ホウエンを揺るがす壮絶な戦いが幕をあける！！