バイオテクノロジーが急速に発展した、近未来の日本――。
「人工生体」の研究中に起きた大事故“バースト”により、暴走した人工生命体“マター”が黒部峡谷一帯を侵蝕。人類にとって希望の地と謳われた研究都市は、政府により立ち入りが禁じられた。
その災厄から２年後の2037年。バーストで家族を失った１５歳の橘アイコは、転校生の神崎雄哉から信じがたい事実を告げられる。
それはアイコも知らなかった、自身の身体に隠された“秘密”だった。それを解く鍵は、バーストの中心地“プライマリーポイント”にあるという。
アイコは、案内人の神崎雄哉と護衛部隊のダイバーたちと共に、封鎖されたエリアへの侵入を決意するが。
人類の未来を背負う少年、少女が出会った時、明らかになる真実とは？