突如現れたドラゴンと総称される怪物たちにより、世界は一変。やがて人間の中に、ドラゴンの力を持った“D”と呼ばれる異能の少女たちが生まれる。存在を秘匿された唯一の男の“D”である少年・物部悠は、“D”の少女たちが集まる学園・ミッドガルに強制的に放り込まれ、さらに生き別れの妹・深月と再会した悠は、この学園に入学することになり……