カイ、ロイド、コール、ジェイ、ゼンらの5人のニンジャたちが主人公だ。 話は、姿を消したゼンに意気消沈するカイ、ロイド、コール、ジェイの前にゼンが生きている手掛かりが現れたところから始まる。 ゼンの行方を追って地図にも載っていない島を訪れたニンジャ一行は、さまざまな能力を持つファイター達と、生き残りを賭けた壮絶なバトルをすることになる。 アクションたっぷりに歴史に残る戦いが始まる。