『ミカグラ学園組曲』は、ニコニコ動画で活躍する人気ボカロP『Last Note.』が紡ぐ、テンションMAXな人気楽曲シリーズを総称したプロジェクト。 一宮エルナは中学校時代にニート一直線の生活を送っていた。 親や従兄の二宮シグレに説得され高校選びを始めるも、どの学校の制服も可愛くはなく高校選びは難航していた。 最終的に行き着いたのはシグレが在籍しているという理由から真っ先に候補から外していた私立ミカグラ学園だった。 入学式の日、これからの生活に胸をときめかせていたエルナが見たものは、新入生歓迎会で暴れ狂う先輩たちの姿だった。 さらにこの学校には「一か月以内に部活動に入らないと強制的に退学」という校則まで存在し――
はたしてエルナはまともな学園生活を送ることが出来るのか。