企業のネットが星を被い、電子や光が駆け巡っても国家や民族が消えてなくなる程、情報化されてない近未来――西暦2027年。高度化した電脳犯罪を前に、"攻性"の特殊部隊設立を望む内務省公安9課・荒巻大輔の前に現れる、陸軍501機関所属・草薙素子三佐。生まれる以前に全身を義体化されたサイボーグであり、超ウィザード級のハッカースキルと、卓越したサイボーグ操作技術を併せ持つ草薙は、事件の影に潜む電脳ウィルス「ファイア・スターター」の謎に迫るが――。