かつて“厄祭戦”と呼ばれる大きな戦争があった。その戦争が終結してから約300年。地球圏はそれまでの統治機構を失い、新しい支配体系をもって新たな世界が構築されていた。かりそめの平和が訪れる一方で、地球から離れた火星圏では、新たな戦いの火種が生まれつつあった。
主人公の少年である“三日月・オーガス”が所属する民間警備会社“クリュセ・ガード・セキュリティ”（CGS）は、地球のイチ勢力の統治下にある火星都市クリュセを独立させようとする少女“クーデリア・藍那・バーンスタイン”の護衛任務を受ける。
しかし、反乱の芽を摘み取ろうとする武力組織“ギャラルホルン”の襲撃を受けたCGSは、三日月ら子どもたちを囮にして撤退を始めてしまう。少年たちのリーダー“オルガ・イツカ”はこれを機に自分たちを虐げてきた大人たちに反旗をひるがえしてクーデターを決意。
オルガに“ギャラルホルン”の撃退をたくされた三日月は、CGSの動力炉として仕様されていた“厄祭戦”時代のモビルスーツ“ガンダム・バルバトス”を用いて戦いに挑む。