ある日突然、月が爆発して七割方蒸発した。その犯人と称し、しかも来年三月には地球をも爆破するという超生物がやってきたのは、何故か中学校の教室。なんとここで教師をすると言うのだ。人知を超えた能力を持ち、軍隊でも殺せないその怪物の暗殺を、各国首脳はやむをえずそのクラス…椚ヶ丘中学校三年E組の生徒に委ねる事になる。成功報酬は百億円！落ちこぼれクラス、「エンドのE組」の生徒たちは、卒業までにこの暗殺対象の教師、「殺せんせー」を殺せるのか…!?