E.R.2035年。突如現れた巨大生命体「フィアレム」。人類は戦闘型アンドロイド「エクティス」を大量投入して対抗するものの、体長50mを超すフィアレムの圧倒的なパワーの前に劣勢は否めなかった。
事態の打開のために国家議会は、細胞成長因子CGF-3により生物を肥大させる技術を軍事転用し、人間を巨大兵器として実戦投入することを決断する。
対フィアレム特化部隊「ラグナストライカーズ」に抜擢された6人の巨大化適正ヒロインたち。少女たちは、特務官との絆を信じて強大な敵との戦いに挑む。