未来での戦いも終わり中学３年生になったうさぎ達は、つかの間の平和な日々を取り戻していた。そんな折、予知夢をみる衛とレイ。不穏な気配が漂い始める。
東京湾の埋立地に立てられた新設の私立無限学園に通う生徒が、次々に怪物に襲われる先祖返り現象が起こる。早速うさぎ達は偵察を開始。私立無限学園は既に新たなる敵デス・バスターズの支配下に…。更には新たな二人のセーラー戦士が出現しとまどう、うさぎ達。
私立無限学園で出会った天才レーサー天王はるかに、ドキドキが止まらず惹かれていくうさぎ。一方、ちびうさは無限学園創設者の娘、土萠ほたると知り合い、親しくなる。やがて土萠ほたるの隠された秘密が明らかになっていく…