「海に生き、海を守りて、海を往く--- それがブルーマーメイド！」
今からおよそ100年前、プレートのずれにより、多くの国土を水没によって失った日本。国土保全のため、次々と築かれた水上都市はいつしか海上都市となり、それらを結ぶ航路の増大に伴い、海の安全を守る多くの人員が必要となっていった。それに伴い、働く女性の海上進出も進み、海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」が女生徒たちの憧れとなっていった。そんな時代、幼馴染の岬明乃（みさきあけの）と知名もえか（ちなもえか）は、「ブルーマーメイドになる」という同じ目標を持つ仲間たちとともに、横須賀の海洋高校に入学する。