エジプトでの宿敵DIOとの死闘から11年後。1999年、空条承太郎は祖父ジョセフ・ジョースターの隠し子、東方仗助に会うため、日本のM県Ｓ市、杜王町にやってきた。しかし発見した仗助は承太郎と同じ特殊能力、「スタンド」を持っていた。そして、承太郎の来訪を皮切りにまるで引かれ合うように、新たな「スタンド使い」達が動き始める。「この町には何かがある…」生まれ育った杜王町を守るため、仗助は立ちあがる――。