15歳の少年・浅永瞬は、前向きで明るい性格の普通の中学生。ある日、科学者かつ実業家の父の会社で不思議な水晶を見つけるが、その水晶に触れた瞬間、突然世界が歪み、地球の裏側の世界＜エンドラ＞へと吸い込まれてしまう。
一方、エンドラの城で16歳の誕生日を迎えた王子・エミリオは現在の王・デルザインを強く憎んでいた。王位を継げる年齢になったことで、武器を持ち、いよいよ復讐を果たそうとするが、力の差が大きいために全く歯がたたない。デルザインに捕まって投獄され、悲嘆に暮れるエミリオ。しかし突然牢獄の壁が歪み、そこに瞬が現れる。
ひとりは元の世界へ帰るため、ひとりは復讐を成し遂げるため、＜エンドラ＞で生きる少年たち。違う世界で育った2人の少年が掴む未来とは…。