「妖怪祓い」とは、本来すむべき「隠世（かくりよ）」から、何らかの事情で「現世（うつしよ）」に留まる妖怪たちを「隠世」へと送り届ける仕事である。
ある日、妖怪にとり憑かれた高校生・芦屋花繒（あしやはなえ）は、偶然、見かけた連絡先を頼りに、妖怪祓いの店「物怪庵（もののけあん）」を訪れる。そこにいたのは不機嫌そうな主・安倍晴齋（あべのはるいつき）だった。わけあって、そのまま芦屋は物怪庵の奉公人（アルバイト）として働くことに……。
安倍と芦屋の妖怪祓いコンビと妖怪たちの物語が幕を開ける。