現実とは少し異なった地球。そこは「紅（あか）の世界」よりの侵略者【ナイトフライオノート】の脅威にさらされていた。人類は彼らに対抗するため、対位相外防衛機関【LAG】を設立、対ナイトフライオノート戦闘ユニット【スカーレッドライダー】を結成し、過去五回の全滅を繰り返しながら戦い続けていた。やがて一人の少女、麻黄アキラが教官兼指揮官としてLAGへ着任すると、止まっていたナイトフライオノートの侵攻が再び始まる。第六戦闘ユニット【スカーレッドライダーゼクス】のメンバー達は、アキラと共に世界を守るため、戦いに身を投じていく。これは彼女と少年たちの、愛と友情と、戦いの物語である。