人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。立派な怪獣娘になるべく訓練を受けるデコボコトリオの明日はどっちだ……!?