西暦2015年。魔術がまだ成立していた最後の時代。人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐために成立された特務機関。人類史を何より強く存続させる尊命の下に集められた多くの研究者たちの成果によって、人類史は100年先までの安全を保証されていた。
だが。何の前触れもなく――カルデアで観測を継続していた未来領域が消失。人類は2017年で絶滅する事が判明―――いや、証明されてしまった。その原因と思われるのは西暦2004年の日本の地方都市・冬木。ここに、今まではなかった「観測できない領域」が現れたのである。
カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、特異点の調査・解明、あるいは破壊を目的とした任務“聖杯探索”―――グランドオーダーを発令する。