彼は死ぬために、探偵の道を選ぶ……
時は2030年代。謎の探偵、明智小五郎の元に集う「少年探偵団」。彼らは大小様々な事件を持ち前の行動力で解決に導いてきた。ある日、メンバーの花崎健介は謎の少年、小林芳雄と出会う。「正体不明の靄」により「死ねない」身体となってしまった小林は、自身の死を望み、他人との接触を拒んでいた。そんな彼の存在に興味を抱いた花崎は「『少年探偵団』へ入らないか」と持ちかける…　小林と花崎。彼らの出会いはやがて、世紀の犯罪者である怪人二十面相と明智小五郎の因縁と絡み合い、二人の運命を動かしていく…